Huída a Huemul y muerte de Villota

Francisco Villota y su guerrilla huyeron a Comalle en busca de refugio. Allí se disgregaron cada uno a sus casas o escondites. Villota organizó los asuntos en la hacienda y huyó rumbo a las tierras más lejanas de la estancia, tierras que la familia Villota tenía y que comprendían hasta Huemul.
El coronel Antonio Morgado ordenó el despacho inmediato en persecución de la guerrilla de Villota al capitán Lorenzo Plaza de los Reyes, quien con cincuenta soldados del batallón Chillán y treinta dragones a cargo del teniente Antonio Carrero, llegaron hasta la Hacienda Comalle, amenazando y ofreciendo recompensas a la gente para delatar el paradero de Villota. Tras torturas y ante la negativa de la gente por traicionar a Francisco Villota, el capitán Plaza de los Reyes ordenó ahorcar al joven mayordomo que Villota tenía en la hacienda, José María Leiva, quien murió estrangulado en las vigas de la casona sin que confesara el lugar donde estaba escondido el patriota y su guerrilla.
Por otra parte, el coronel Antonio Morgado ordenó en Curicó ahorcar a los cinco prisioneros patriotas de la guerrilla de Villota. Ellos fueron: Isidro Merino, Luis Manuel Pulgar, Brígido Berríos, Rosauro Quezada y Juan Morales. Como no había verdugo en Curicó, una villa tranquila en aquellos días, Morgado ordenó fusilarlos por la espalda y colgarlos en horcas en la Plaza de Armas. Se aprisionó a respetados vecinos curicanos a quienes se acusó de conspirar y apoyar las guerrillas. Dionisio Perfecto Merino, un importante vecino, fue remitido a Santiago, embarcado en la fragata “Callao” y enviado conjuntamente con otros patriotas que luchaban por la causa independentista, a los presidios del Perú.
El capitán Plaza de los Reyes ardía en furia y soñaba con dar con el paradero de Villota. El 27 de enero, mientras realizaba un patrullaje dio con la guerrilla patriota de Francisco Villota en las tierras más orientales de la familia Villota en Huemul. Allí tropas guerrilleras y españolas se trazaron en una lucha fiera en las montañas de Huemul, que conducen a Argentina.
Lamentablemente, los caballos de los patriotas estaban desensillados pues descansaban, mientras aguardaban los días de la llegada del Ejército Libertador en la avanzada de Ramón Freire, quien llegaría a Chile precisamente por el paso del Planchón, algo que sabían. Francisco Villota intentó resistir la brega, pero la tropa española rompió los fuegos contra los patriotas y trece teninos cayeron acribillados. Se produce la fuga de los guerrilleros.
El corcel de Francisco Villota, un brioso caballo blanco que al perecer lo montó Villota a pelo, se atascó en un lodazal mientras arrastraba a los españoles tras el, a fin de que sus hombres huyeran. Villota desmontó y se aprestó a morir peleando. Mientras amartilla una pistola para disparar a un soldado del batallón Chillán que se viene a atacarlo de frente, Fermín Sánchez, un dragón español lo ataca por detrás y le da un sablazo que le arroja al suelo mortalmente herido. Luego llegan otros soldados y lo ultiman a bayonetazos. Así acaba su vida por la Patria el valiente héroe nuestro, Francisco Villota Pérez-Cotapos, el líder tenino de la Independencia de Chile en la zona, muerto el 27 de enero de 1817 en la Batalla de Huemul, como es conocida.
Ninguno de los españoles que lo asesinan conocía a Francisco Villota. Hasta llegan a confundirlo con otro patriota tenino, Manuel Antonio Labbé, quien se salvó de la lucha huyendo junto a otros patriotas locales hacia los contrafuertes cordilleranos. Los españoles trajeron su cadáver hasta la Hacienda de los Labbé, en la actual Domingo Mancilla, en donde lo presentaron a su familia. Estos reconocieron al héroe tenino, Francisco Villota Pérez-Cotapos y lloraron su muerte. Recién comprendieron los españoles que habían muerto al hombre más importante y más valiente de todos los patriotas curicanos en la zona, después de Manuel Rodríguez.
Francisco Villota fue llevado en la grupa de un caballo a Curicó, y con un evidente lujo de crueldad y ultraje a la opinión pública curicana, el coronel Morgado lo exhibió desnudo en una horca en plena Plaza de Armas de la villa, horca que se levantó ex profeso el día 28 de enero, frente a la cárcel.
Los religiosos de la orden de San Francisco solicitaron permiso para enterrarlo, siendo vestido con los hábitos religiosos y enterrado en la Iglesia de San Francisco de Curicó, lugar en donde están sus restos hasta el día de hoy.
Los acontecimientos de la guerra en el proceso independentista siguieron sucediéndose en buena forma para las tropas patriotas. Ramón Freire llegó con la avanzada del Ejército Libertador por el Paso del Planchón, en donde se le unieron fielmente las tropas de las guerrillas teninas de Villota y Neira, sobrevivientes de la Batalla de Huemul. Freire prosiguió hacia el sur por la cordillera y atacó Cumpeo con victoria, lugar donde habían muchos patriotas. De allí se dirigió a Talca, la que también asaltó con éxito.